В 1861 год земское училище было открыто  в деревне Ларионовская при Сефтренской Преображенской церкви. . Находилось в Верхнетоемской волости в приходе Верхнетоемской Троицкой церкви в деревне Сефтре в 20 верстах от Волостного правления и церкви. . Наряду с земскими училищами действовали и церковно-приходские школы. Согласно «Отчёта о состоянии церковно-приходских школ по Сольвычегодскому уезду за 1911-1912 учебный год», значились Ларионовская и Сефтренская церковно-приходские школы.

В 1927 году образовалась Нозянская начальная школа.
С 1939 по 1942 годы Нозянская школа находилась в деревне Ларионовская (Ноза) Сефтренского сельсовета. Школа была семилетней.  Затем семилетнюю школу перевели в д. Сефтра; в деревне Ларионовская осталась 4-хлетняя школа.

Сефтренская семилетняя школа с 1942 года размещалась в двухэтажном доме раскулаченного Уродкова Андрея Васильевича в деревне Ермолинская (Горный Двор) Сефтренского сельсовета. До переезда семилетней школы из Нозы в этом доме была начальная школа. В  1949-1950 годах на географической карте появился лесозаготовительный посёлок Зеленник. В 1951-1952 школа из деревни Сефтра была переведена в посёлок Зеленник, где она размещалась в нескольких  домах барачного типа. В Сефтре осталась только начальная школа.

В сентябре 1951 году на высоком берегу реки Северная Двина начато строительство отдельного школьного здания.  25 ноября 1956 года строительство завершено – Сефтренская семилетняя школа приняла первых учеников. Это было одно из первых специально построенных зданий школ района. В 1959 году Сефтренская семилетка реорганизуется в Сефтренскую восьмилетнюю школу.  В 1967 году рабочими стройучастка сделана пристройка к основному зданию.  В 1968 году появилась Сефтренская средняя школа, в которой обучалось 570 учеников, из них в начальной школе 170.  На основании решения исполкома райсовета № 359 от 17 ноября 1978 года Сефтренская средняя школа переименована в Зеленниковскую среднюю школу.

В 1980 году был проведён капитальный ремонт основного здания, а также  убраны  печки, сделано водяное отопление.

В 1997 году был снова проведён ремонт школы, произведено соединение крыши основного здания и пристройки, замена полов в спортзале и  в 2-х нижних классах пристройки, в одном из классов частично заменены стены. 

22 апреля 1999 года Зеленниковская средняя школа переименована в муниципальную Зеленниковскую среднюю общеобразовательную школу на основании Постановления Главы администрации МО «Верхнетоемский район» № 2/ 13 от 22.04.99. С этого времени составной частью школы становятся структурные подразделения:

• Сефтренская начальная школа 
• Детский сад «Калинка»
• Речная начальная школа

    Здание мастерской было построено отдельно в 1959 году. Долгое время учителем трудового обучения работал Максимов Николай Иванович. Здание автокласса с кабинетом машиноведения построено в 1972 году. Здесь ученики школы изучали с/х машины и получали права тракториста.

В 1980 году построена школьная котельная, в которой установлено 2 котла «Универсал».

12 июля 2000 года  по результатам визита в наш район губернатора области А.А.Ефремова была принята программа мероприятий, в которой было предусмотрено строительство школы в посёлке Зеленник на 200 учащихся.

Начались работы по созданию проекта школы, геологические изыскания на месте строительства новой школы. С 2003 года начато строительство здания новой школы силами ОАО ПО «Автомагистраль»  (генеральный директор Н.Н. Синцов). Руководил работой Е.М.Кириенко.

28 августа 2008 года состоялась приёмка школы государственной комиссией.

1 сентября 2008 года школа впервые распахнула свои двери для учеников.